ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2534 โดย ศาสตราจารย์นายแพทย์ ประดิษฐ์ เจริญไทยทวี เพื่อตอบสนองการขยายตัวและรองรับงานบริการเพื่อความเป็นเลิศด้านการเรียนการสอนที่มีความเฉพาะทางมากขึ้น และศาสตราจารย์นายแพทย์อรรถสิทธิ์ เวชชาชีวะ คณบดีคนถัดไป จึงได้กราบบังคลทูลขอพระราชทานนำชื่อ “กาญจนาภิเษก” มาเป็นชื่ออาคารและได้รับพระราชทานชื่ออาคารนี้ว่า “ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก” โดยมีชื่อภาษาอังกฤษดังนี้ “Golden Jubilee Medical Center”

          ปัจจุบัน ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก ได้เข้าสู่ภายใต้การดูแลของคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2560 มุ่งเน้นการให้บริการสู่ความเป็นเลิศ ด้านการบริการประชาชน สนับสนุนการเรียนการสอนทางการแพทย์ งานวิจัยและบริการวิชาการ มุ่งเน้นการบริหารจัดการที่ดี เพิ่มศักยภาพรองรับผู้ป่วยทั้งในและนอกศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก

         ทั้งนี้ยังเป็น โรงพยาบาลร่วมสอนในหลักสูตรแพทนศาสตร์บัณฑิต ของนักศึกษาแพทย์ชั้นปีที่ 6 รุ่นละ 2 คน สาขาวิชาดังนี้ 
     – สาขาวิชาอายุรศาสตร์ 

     – สาขาวิชาศัลยศาสตร์

     – สาขาวิชาศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิกส์

     – สาขากุมารเวชศาสร์ จะเริ่มส่งช่วงที่ 2 ปีการศึกษา 2569

     – สาขากุมารสูติศาสตร์ นรีเวชวิทยา จะเริ่มส่งช่วงที่ 2 ปีการศึกษา 2569