ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก ให้บริการสาธารณสุขที่ได้ปรับระบบการบริการให้สอดรับกับนโยบายของรัฐบาลตามโครงการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ทำให้บทบาทการให้บริการสุขภาพของสถานพยาบาลในระดับต่าง ๆ เปลี่ยนไป โดยเฉพาะบทบาทของสถานบริการของมหาวิทยาลัย ที่ปรับบทบาทโดยมุ่งเน้นการเป็นศูนย์การดูแลสุขภาพเฉพาะทาง
ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก มีเป้าหมายที่การมีบทบาทสำคัญและเป็นผู้นำด้านบริการสุขภาพเฉพาะทาง โดยเน้นการเป็นศูนย์ที่เป็นเลิศในด้านทันตกรรม การให้บริการทางการแพทย์เฉพาะทาง การให้บริการด้านการประเมินภาวะสุขภาพ การป้องกันโรคและการสร้างเสริมสุขภาพ รวมทั้งการฟื้นฟูสภาพของผู้ป่วย รวมถึงเป็นศูนย์การศึกษาต่อเนื่องของแพทย์แผนเอเซียโดยเฉพาะแพทย์แผนจีน